Mgr. Jan Dvorský, Ph.D.

2024

• A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology

  KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DVORSKÝ Jan BORKO Simeon AREFIEV Ihor PLANAS IGLESIAS Joan DOBIÁŠ Adam RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF CHEMINFORMATICS, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI

• PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning

  ŠTOURAČ Jan BORKO Simeon KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DOBIÁŠ Adam PLANAS IGLESIAS Joan MAZURENKO Stanislav RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 1, DOI

• Visual Support for the Loop Grafting Workflow on Proteins

  OPÁLENÝ Filip ULBRICH Pavol PLANAS IGLESIAS Joan BYŠKA Jan ŠTOURAČ Jan BEDNÁŘ David FURMANOVÁ Katarína KOZLÍKOVÁ Barbora

  Článek v odborném periodiku

  IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, rok: 2024

2023

• pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support

  VÁVRA Ondřej BERANEK Jakub ŠTOURAČ Jan SURKOVSKY Martin FILIPOVIČ Jiří DAMBORSKÝ Jiří MARTINOVIC Jan BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2023, ročník: 39, vydání: 8, DOI

2022

• CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability

  KUNKA Antonín LACKO David ŠTOURAČ Jan DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk MAZURENKO Stanislav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2022, ročník: 50, vydání: W1, DOI

• Caver Web 1.2

  MUSIL Miloš JEŽÍK Andrej HAMŠÍKOVÁ Marie ŠTOURAČ Jan GALGONEK Jakub VONDÁŠEK jiří BEDNÁŘ David DAMBORSKÝ Jiří

  Software

  Rok: 2022

• Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web

  MUSIL Miloš JEŽÍK Andrej HAMŠÍKOVÁ Marie ŠTOURAČ Jan GALGONEK Jakub EYRILMEZ Saltuk Mustafa VONDRASEK Jiri DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2022, ročník: 20, vydání: November 2022, DOI

• LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering

  PLANAS IGLESIAS Joan OPÁLENÝ Filip ULBRICH Pavol ŠTOURAČ Jan SANUSI Zainab Kemi RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SMITH Andrea BYŠKA Jan DAMBORSKÝ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2022, ročník: 50, vydání: W1, DOI

• Nástroj LoopGrafter

  PLANAS IGLESIAS Joan OPÁLENÝ Filip ULBRICH Pavol ŠTOURAČ Jan SANUSI Zainab Kemi RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SCHENKMAYEROVÁ A. BYŠKA Jan DAMBORSKÝ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora BEDNÁŘ David

  Projekty výzkumu a vývoje

  Rok: 2022, druh: Projekty výzkumu a vývoje

• PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data

  VARADI Mihaly ANYANGO Stephen ARMSTRONG David BERRISFORD John CHOUDHARY Preeti DESHPANDE Mandar NADZIRIN Nurul NAIR Sreenatha S. PRAVDA Lukas TANWEER Ahsan AL-LAZIKANI Bissan ANDREINI Claudia BARTON Geoffrey J. BEDNÁŘ David BERKA Karel BLUNDELL Tom BROCK Kelly P. MARIA CARAZO Jose DAMBORSKÝ Jiří DAVID Alessia DEY Sucharita DUNBRACK Roland RECIO Fernandez Juan FRATERNALI Franca GIBSON Toby HELMER-CITTERICH Manuela HOKSZA David HOPF Thomas JAKUBEC David KANNAN Natarajan KRIVAK Radoslav KUMAR Manjeet LEVY Emmanuel D. LONDON Nir MACIAS Jose Ramon SRIVATSAN Madhusudhan M. MARKS Debora S. MARTENS Lennart MCGOWAN Stuart A. MCGREIG Jake E. MODI Vivek PARRA Gonzalo R. PEPE Gerardo PIOVESAN Damiano PRILUSKY Jaime PUTIGNANO Valeria RADUSKY Leandro G. RAMASAMY Pathmanaban RAUSCH Atilio O. REUTER Nathalie RODRIGUEZ Luis A. ROLLINS Nathan J. ROSATO Antonio SERRANO Luis SINGH Gulzar SKODA Petr SORZANO Carlos Oscar S. ŠTOURAČ Jan SULKOWSKA Joanna I. SVOBODOVÁ Radka TICHSHENKO Natalia TOSATTO Silvio C. E. VRANKEN Wim WASS Mark N. XUE Dandan ZAIDMAN Daniel THORNTON Janet STERNBERG Michael ORENGO Christine VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2022, ročník: 50, vydání: D1, DOI